Las células T auxiliares sólo reconocen al antígeno en el enlace de los marcadores CMH Clase II. Una célula presentadora de antígeno-como por ejemplo, un macrófago o una célula dendrítica-degrada al antígeno que devora, después coloca piezas pequeñas (péptidos) en su superficie junto con un marcador CMH Clase II. Al exhibir su presa de esta manera, las células presentadoras de antígeno permiten que receptores específicos en las células T auxiliares se unan al antígeno y confirmen por medio de la proteína CD4 que una invasión ha ocurrido.

Después de la unión, una célula T auxiliar en reposo rápidamente se transforma en una célula T auxiliar activada. Asume el control de la respuesta inmune, proporcionando órdenes para aumentar el número de células plasmáticas específicas productoras de anticuerpos y las células killer citotóxicas necesarias para reprimir el ataque.