Algunas veces el aparato de reconocimiento del sistema inmunológico se daña y el cuerpo comienza a producir anticuerpos y células T dirigidas contra las células y órganos del propio cuerpo.

Dichas células y autoanticuerpos, como se les conoce, contribuyen a muchas enfermedades. Por ejemplo, las células T que atacan a las células pancreáticas contribuyen a la diabetes, mientras que un autoanticuerpo conocido como factor reumatoide es común en las personas con artritis reumatoide.