Sus células inmunes reconocen a las proteínas del complejo mayor de histocompatibilidad (CMH) cuando ellas distinguen entre "lo propio" y "lo extraño". Una proteína del CMH sirve como un andamio reconocible que presenta piezas (péptidos) de una proteína extraña (antigénica) a las células inmunes.

Un andamio de CMH "extraño" vacío, por sí mismo, puede actuar como un antígeno cuando se introducen células u órganos donados en el cuerpo de un paciente. Estos andamios de CMH automarcadores también se conocen como el "tipo de tejido" de un paciente o como antígenos leucocitarios humanos (ALH o HLA, por sus iniciales en inglés) cuando los glóbulos blancos de un paciente están siendo caracterizados.

Por ejemplo, cuando el sistema inmunológico de un paciente que está recibiendo un trasplante de riñón detecta un "tipo de tejido" extraño ("no propio"), el cuerpo del paciente puede reunir y dar apoyo a sus propias células inmunes para atacar.

Cada célula de su cuerpo está cubierta por estas proteínas de CMH automarcadoras, y--con la excepción de gemelos idénticos--las personas llevan diferentes juegos. Las proteínas de CMH marcadoras son tan diferentes como los tipos sanguíneos y vienen en dos categorías--CMH Clase I: los seres humanos presentan 6 marcadores de 200 posibles variaciones; y Clase II del CMH: los seres humanos presentan 8 de alrededor de 230 posibilidades.